1、抗菌抗病毒作用：菘蓝根对多种细菌有作用。水浸液对枯草杆菌、金黄色葡萄球菌，八联球菌、大肠杆菌、伤寒杆菌、副伤寒甲杆菌、痢疾（志贺氏、弗氏）杆菌、肠炎杆菌等都有抑制作用；丙酮浸出液也有类似作用，且对溶血性链球菌有效（皆用琼脂小孔平板法）。对A型脑膜炎球菌之抑菌作用与大蒜、金银花相似。板蓝根、大青叶抗菌、抗病毒的有效成分，有人认为是靛甙。实验证明，靛甙在体内外皆无抗菌作用；体外抗病毒作用亦不突出；在体内排泄又快，故认为它无明显生理和抗菌的活性作用。其有效成分尚待研究。
2、抗钩端螺旋体作用：1：100以上的板蓝根或大青叶，在试营内均有杀钧端螺旋体的作用。
3、解毒作用：据报道，犬用板蓝根、黄连粉与藜芦同服（各2.0g／kg），能解藜芦毒，降低死亡率；若藜芦中毒后再用之，则无效；分别单用板蓝根粉或黄连粉，效果亦不好。
4、提高免疫功能：小鼠腹腔注射板蓝根多糖50mg／kg，可显著促进小鼠免疫功能，表现为：能显著增加正常小鼠脾重。白细胞总数及淋巴细胞数，对氢化可的松所致免疫功能抑制小鼠脾指数、白细胞总数和淋巴细胞数的降低有明显对抗作用；显著增强二硝基氯苯所致正常及环磷酰胺所致免疫抑制小鼠的迟发型过敏反应；增强正常小鼠外周血淋巴细胞ANAE阳性百分率，并明显对抗氢化可的松所致的免疫抑制作用；但板蓝根多糖体外实验对刀豆素A诱导的小鼠脾细胞淋转反应无明显增强作用。此外，板蓝根多糖还能明显增强抗体形成细胞功能，增强小鼠静脉注射碳粒廓清速率。
5、抗肿瘤作用：对大鼠W256实体瘤和小鼠Lewis肺癌注射靛玉红200mg/kg，连续6-7天，结果对大鼠W256实体瘤的抑制率分别为47-50%和50-58%，皮下注射最减少到每日100mg／kg以下时，其抑制作用不明显。靛玉红500mg/kg灌胃，对大鼠W256实体瘤的抑制率为23-33%，对小鼠肉瘤180的抑制率约30%。靛玉红能延长淋巴白血病L7212小鼠的生存时间20%左右。此外，经小鼠精原细胞法试验证明，靛玉红不能特异性地抑制B型精原细胞和精子细胞。
6、对白血病作用：药理研究初步表明，靛玉红有破坏白血病细胞的作用。从超微结构形态来看，在靛玉红作用下，变性坏死的细胞多呈肿胀、溶解性坏死。实验中发现靛玉红能增强动物的单核巨噬系统的吞噬能力。单核巨噬系统在机体免疫反应中起一定的作用，故靛玉红的抗癌作用可能与提高机体免疫能力有关。
药物应用鉴别
1.板兰根与大青叶，皆有清热解毒凉血之功。但板兰根有利咽之长，而大青叶化斑之长于胜于板兰根。
2.板兰根与青黛皆为清热解毒要药，但青黛味咸而具消痰散肿之长。
临床应用
①防治流行性乙型脑炎预防用板蓝根3钱煎服，每日1剂，连服5天。
治疗用50%或200%板蓝根注射液每次2毫升肌肉注射，每日2～3次。
或用板蓝根煎服，昏迷者行鼻饲，12岁以下每日2两，13岁以上2～4两，1次顿服或2次分服，连服2～3周；亦可每2小时服1次，成人每次用2～2.5钱，15岁以下用1～2钱，待体温降至正常后酌减剂量及次数，2天后停药。
治疗过程中需配合必要的针灸、西药等对症处理及支持疗法。
板蓝根在临床上清热凉血、抗病毒抗菌作用明显，用量大，堪称中成药之最。研究结果表明，板蓝根具有显著的清除体内能引起体温升高的热原作用，并已分离得到这种活性物质。板蓝根的退烧作用即是通过杀灭体内的病毒细菌等病原体、清除引起发烧的过氧自由基和热原等因素而实现的。在低烧的情况下，服用板蓝根等中成药，不但能够有效的退烧，同时，还能够促进身体的康复和免疫力抵抗力的增强。早期应用，同时配合对症处理，可大大提高治疗效果。据190例的观察，治愈率在90%以上。绝大多数病例于3天内退热：临床症状除特别严重者外，通常均能在退热后即消失；少数有后遗症，均系疾病过程中持续高热、严重昏迷和抽搐的病例。
②防治流行性腮腺炎用板蓝根2～4两，小儿减半，每日1剂煎服。
同时可将板蓝根配成30%溶液涂患处。据387例的观察结果，除5例好转、5例无效外，其余均治愈。对伴有并发症者效果较差。预防服药11295人次，似有控制流行的作用。
③治疗感冒(包括流感) 用100%板蓝根注射液肌肉注射，视年龄及病情每次1～6毫升，每日2～4次。治疗80例，治愈78例，无效2例(其中1例合并肺炎)。一般在1～3天退热，2～5天症状消失。
④治疗传染性肝炎用板蓝根1两，每日1剂煎服；或用板蓝根6斤、蒲公英3斤，糖适量，制成煎剂1000毫升，日服2次，每次50毫升，15～20天为一疗程。单味煎剂治疗8例均获效果，症状消失平均时间为6天，肝功能恢复为15.7天，肝脏缩小为13天。疗效优于茵陈蒿汤对照组。复方煎剂治疗50例，经一个疗程后有50%病例肝功能恢复正常，第一、二疗程累计肝功能恢复正常者达92%。
⑤治疗暴发性红眼用板蓝根制成10%或5%眼药水，每日滴眼4次。
观察235例，4天内治愈率达94.9%。多数病例用药(10%浓度)1天后球结膜水肿消失或好转，自觉症状减轻或消失。治疗早、病情轻者疗效最好。药液浓度10%的比5%的效果好。
⑥治疗单纯性疱疹性口炎取板蓝根l两，制成60毫升煎液，1～3岁小儿每次10～20毫升，日服3次。治疗11例，均于第2、3天热退、流涎停止、充血消失、坏死上皮脱落，第4、5天见粘膜再生、溃疡愈合。
⑦治疗扁平疣等用50%板蓝根注射剂肌肉注射，每次2毫升，每月1～2次，10～20天为一疗程。儿童可用成人剂量。观察45例，39例获得治愈或进步。一般于2～15天开始见效，治愈时间7～45天不等。但皮损较多、范围较广泛者多无效果。
此外，用板蓝根煎剂治疗非典型性肺炎、流行性脑脊髓膜炎、白喉，用板蓝根配合大青叶、羌活治疗上呼吸道感染，用板蓝根肌肉注射治疗带状疱疹、单纯疱疹及流行性腹泻等，均有不同程度的疗效。
曾有报道，1例上呼吸道炎患者肌注板蓝根注射液2毫升后15分钟，即出现头晕眼花，胸闷气短，心慌烦乱，四肢麻木、发胀、奇痒，两前臂及两小腿满布荨麻疹等过敏反应现象，经及时处理后恢复。
用药注意事项
少年儿童应该避免大剂量，长期服用板蓝根。板蓝根这样的抗病毒清热解毒药，本来毒副作用很小，但是用的时间长了，吃的数量多了，就会积“药”成疾，酿成后患。在临床中使用板蓝根冲剂造成小儿过敏反应、消化系统和造血系统损害的病例屡见不鲜。服用“板蓝根”等呼吸道疾病药物时，有过敏史者一定要注意不要轻易服用。对于小儿，千万不能用成人剂量，更不能长期大剂量服用。如果在用药中发生了过敏反应，首先应立即停药，并迅速送往医院；如是上消化道出血，除立即停药外，还应禁食，并尽快送医院处置。感冒大多由病毒感染所致，中药板蓝根虽有抗病毒的作用，但中医学把感冒分为风寒型感冒和风热型感冒两大类，又由于季节的不同，感受外邪（致病因 子）的不同，又有夹湿、夹暑、夹燥的不同，如果患感冒不分寒热、虚实和夹杂，一味用板蓝根治疗，是不科学的。
板蓝根的食用方法
1.板蓝根煮汤，在板蓝根苗长到15-20cm的时候，可以将板蓝根连叶带根洗净，像煮白菜一样放点油、盐、味精就可以了，稍有苦味；
2.素炒板蓝根，先放点油，放点辣椒，大蒜，葱，再把切好的板蓝根放入炒就可以了。